在魅影危机后10年，银河系已经处于一片混乱和动荡之中。在变节的杜库伯爵策动下，有几千个太阳星系决定一起脱离银河系共和国独立，然而银河系共和国还不具备足够的军事实力来镇压这些分离主义份子，在武力不足的状况下，银河系共和国联合议会决定组成临时军队攻打分离主义份子，而其中的一名议员，也就是纳波星球前任女王阿米达拉（娜塔丽波特曼）却力排众意，极力反对这种以暴力对抗暴力的策略，因为这会引发银河系内大规模的争斗和屠戮，但并不是每个人都同意阿米达拉维护和平的决心，于是不断有人密谋刺杀阿米达拉以达到自己不可告人的目的。
时已经升任为杰迪武士老师的奥比王（伊万麦格雷戈）派出他的徒弟天行者阿纳金（海登克里斯滕森），负责保护阿米达拉的安全。在星战前传里还是十来岁小男孩的阿纳金，此时已成长成英俊挺拔、身手不凡的少年。在护送阿米达拉前往安全避难所的路途中，一种青涩而微妙的感情开始在两个年轻人心里滋生……