公安刑警杨震（丁志成饰）打入犯罪集团做卧底，突然面临被识破的危险，季洁（王茜饰）、郑一民（张潮饰）率重案六组刑警紧急前往解救……面对一系列高科技犯罪案，重案六组全力追查，真相一步步浮出水面。
第二部坚持一集两个故事的原则，风格依然会延续第一部紧张激烈、悬念迭生的特点。
打造超越版
据导演徐庆东介绍，之所以把这部片子称为重案六组第二部，而不是称其为续集，就是为了要超越第一部。在保持第一部写实风格的同时，剧组人员把重案六组第二部作为第一部的超越版来拍摄。
徐庆东认为，重案六组第一部之所以取得了良好成绩，警察说“像”，老百姓说“好”，专家挑不出大毛病，主要是因为它拍得真实。第二部要想做得更出色，仍然要坚持真实感，反对矫揉造作，反对矫情，反对想当然。
新案例，新感觉
重案六组第一部的剧本创作，30集仅用两个月完成，然而续集的剧本则足足写了半年。徐庆东介绍说，每集的编剧用呕心沥血来形容，一点不夸张。一集记录两个案子，情节基本取材于新近发生的案例，更追求典型性、新闻性和时效性，以便贴近观众的现实生活。
在第二部里面，观众可以看到，无论是从画面上还是从细节的处理上，都明显好于第一部。题材上也有大幅度的创新，出现了大量的高智商犯罪、高智商侦破的案例使整个剧情突出了一种现代气息，从而也更能俘获观众的心。
徐庆东说，只有真实才能贴近老百姓，只有真实才能赢得老百姓的关注，只有真实才能感动人，才好看。真实感来自细节，所以这部片子在细节上加大了力度。
主演王茜说：“现在观众都挺忙的，谁也不能保证天天坐在家里看，但重剧就是要让他们随时都能看得进去，故事都是独立的，短小精悍，即便是这集都演了一半，观众也能看得明白。”
“新六组”年轻10岁
与原剧最大的不同就是，“新六组”几个主要人物的年龄要比以前年轻了近10岁。整体队伍的年轻必然加快了节奏，也增加了更多的动作场面。而且“新六组”与“老六组”的成员相比，办案更加科学，对于新的事物有更强的接受能力。
由丁志成饰演的新任副组长“杨震”替换了李成儒扮演“大曾”，这是第二部在人物设置上最大的变化。杨震这个人物和以前的大曾是两代警察，一个是从警官大学毕业的，另一个是从基层升上来的，两个人代表了两种不同类型的刑警，但是丁志成很自信地说“杨震”仍然会像 “大曾”一样展示出刑警特有的魅力。而王挺（饰丁箭）、侣萧（饰常宝乐）、孙菲菲（饰田蕊）等新人的加盟也成为“新六组”中的另一大亮点。
