人类制造了机器，但机器对人类发起了进攻，并最终毁灭了队人类。9就诞生于这人类全末日的最后时刻，他的创造者--一个疯狂的科学家将自己的智慧留存给他，然后，成为了人类最后一批殉难者。所以，当9真正醒来时，发现自己置身于一个荒凉的噩梦中。那些摧毁了人类的巨大的机器漫游在地球上，企图捕获、杀死他们。9幸运的找到了几个残存的同类--包括战争老兵1、老发明家2、健壮的机械工5、喜欢梦想的艺术家6和一位女战士7，他们必须为了生存挣扎斗争，地球的未来就掌握在他们手中……
就在不久的未来，人类制造的机器向人类展开了进攻。建筑被毁、社会也分崩离析吩。最终，机器将人类屠杀殆尽。地球上看起来已是死寂一片。
不过就在机器以为自己获得了胜利的时候。另一小队人马却开始了与机器的战争，保护着人类最后的文明。它们是由碎布头和纽扣做成的"小人"，在人类末日时被科学家创造出来并赋予生命的，它们是这个星球上有人类存在的唯一证明。这个时候，9来到了这个小队，在日后的战斗中，9渐渐显示出了自己的领导力和判断力，并在数次危急的情况下使小队化险为夷。
除了9之外，小组里还有8名成员。它们是：小组的队长，刚愎自用的退伍老兵1；一个善良但是脑子有些短路的发明家2；不善言辞的学者双胞胎3和4；意志坚定的负责后勤的机械师5；常受幻视困扰、不按常理出牌的艺术家6；独来独往的勇猛斗士7和对1言听计从的8。在精神力量的召唤下，它们在使命的召唤下，开始向机器宣战。