杰森·伯恩（马特·达蒙）没有过去，或许也不会有未来。在死亡边缘的他被意大利渔船从海上救了回来，在身体上的创伤复原后他却发现自己的记忆一片空白，海上的遭遇让他得了失忆症。他只记得自己在地中海上漂流，而身上的子弹让他觉得不可思议。几乎没有什么线索，自己简直就是个谜。而藏在臀下肌肉内的微缩胶片证明自己曾作过改换容貌的整形手术。除了这个还有一些奇怪事情：在他暂时性的精神迷乱时，他总会说“J.B”，这象是代码的首字缩写；写在胶卷底片上的一组数字竟是一个存有四百万现金瑞士银行的账号，账户的主人是杰森·伯恩，但已被记录为死亡。
被这一系列令人发狂的谜团压迫着，与那些埋藏在深处的记忆搏斗着，伯恩恍惚觉得自己是卡洛斯这个世界头号危险的杀手的同谋者。可这是他却受到雇佣杀手的攻击。没有人可以帮助他，除了一个叫玛丽（弗兰卡·泼坦特）的意大利抵抗组织的成员。虽然现在的伯恩没有身份、背景，好在他还有特殊的格斗禀赋、语言天分和自信，他不顾一切的开展调查，查明自己到底是谁。