前作三年后，亚布与统合体的战争仍然在各处小规模的进行中；双方都在拼命的积蓄力量，一场决战已不可避免的等待着爆发。升任十翔长的拉菲儿指挥着一艘突击舰：舰桥各人员如下：书记是她亲自招来的津特、地上人出身的监督萨姆森、亚布美少女艾克琉亚、具有中性美的索芭修。不过最令津特和拉菲儿头疼的是：突击舰队的司令官竟然是被他们杀死的费布达修男爵的妹妹：亚特斯莉雅！双方经过数次相互侦察作战后，决战的战场终于在亚布迪克降临！身为防卫牵制舰队一员的津特他们，将要面对的是实力强于己方数十倍的统合体主力舰队...本片是《星界的纹章》续作，剧情取自小说《星界的战旗》第一部。战旗的这段剧情是现今全部星界小说的高潮部分，大量的舰队空间战充斥其间！男女主人公的感情也越发清晰。其他次要人物也各有相当的发挥，可谓精彩纷呈、好戏不断！喜欢宇宙间战争的人同样会非常热爱这部作品，相对于动画第1部的羞涩、第3部的交融，战旗的出现无疑会使人热血沸腾。
