一伙持枪歹徒在抢劫运钞车之后，占领了羽田机场附近的商场，以五十名人质作为要挟。事件发生后十二小时，警视厅搜查一科特殊搜查班（SIT）的女交涉人宇佐木玲子与罪犯展开了谈判。对方要求警方送来一辆能装下所有人质的大巴士，话未说完，突然传来枪响，电话被他切断了。
正当警方为突如其来的变故而寻找对策时，商场之内则是一地血腥。团伙头子御堂启一郎当着人质的面毫不犹豫地击毙了过度兴奋的同伙。随后，他以杀了列侬的马克·查普曼还在狱中活着为例，滔滔不绝地控诉社会不公……
就在特殊部队SAT奉命行动进行强行突破之际，店内发生了爆炸。人质们四散奔逃，劫持犯之一中川伸也趁乱逃走，现场只剩下了御堂和被夺的现金。
几周后，玲子获得休假，来到羽田机场准备前往北海道。她在机场偶然看到了木元祐介的身影，他与其兄和树都是商场占领事件中的人质。玲子发现祐介神色有异，便心生疑窦。发现他用化名搭乘201号航班后，玲子也心怀警戒地上了飞机。
飞机起飞后不久，正如玲子所料，祐介等人发动了劫机，乘客和机组人员共159人成为人质。SIT成员来到地面航空交通管制部待命。
占领驾驶舱的中川伸也自称自己是马克·查普曼，他要求警方立刻释放御堂，时限为一小时，过限之后，每一分钟杀一个人质。
除了中川和木元兄弟，还有其他同伙么？劫机和商场事件究竟有着怎样的联系？在一万米高空的机舱之内，玲子孤身一人展开了一场前所未有交涉之战……
