铃木财团的顾问‧铃木次郎吉，终于完成了世界最大的飞行船“BELL TREE II世号”。这其实是他为了缉捕自认是竞争对手的怪盗基德，所安排的一场大规模计划。他对怪盗基德下的战帖是“七天后，BELL TREE II世号”将从东京出发到大阪，有本事就来把“天空的贵妇人”这颗大宝石给偷走吧”。
对于次郎吉的这项挑战，基德也大胆地回复“等抵达大阪上空后就会偷走”，这场以天空为舞台的对决也受到了世人的瞩目。同时次郎也招待了名侦探毛利小五郎、毛利兰、柯南等少年侦探团的成员们搭乘这艘船。柯南等人究竟能否战胜强大的怪盗基德并将他绳之以法呢？
正当柯南与基德在这个广阔天空作为舞台的头脑战场上一番较量时，神秘的武装集团“红暹罗猫”抢走了国立微生物研究所的恐怖细菌入侵船内，并挟持了飞行船。震撼全日本的这起剧场型劫机事件，让关西地区一带陷入恐慌！！船上的人们也接连受到细菌感染……