在公元2014 年，由于年轻人的叛乱“涩谷”从日本隔离，作为一个崭新的独立国家而存在，那里的生活的都是被大人们抛弃了的年轻人，在他们居住的混沌，刹那街道，一切的生活必须品，电和水和食品等是从涩谷的外面的管道中运送过来。在这样的环境里生存着一群以音乐战斗游戏为生的人，（不法商家为了满足赌徒们的兴趣而开发的死亡游戏）在他们的头上有种特殊的晶体装置，可以用它来改变音乐的电信号，另一块载体则被直接植入到大脑中，这样一来便可借音乐来破坏人类的精神和肉体。而终曲死亡之音到来之前，演唱者背靠背的姿势恰似在吟唱着祈祷歌，作品的名字想必就是由此而来的吧。由于每次的战斗都十分血腥和暴力，所以Prayer的游戏会场被大家称为：在21 世纪的涩谷苏生了的古代罗马的斗技场。
我们故事的主角就是拥有天才能力的Prayer，在一次战斗中邂逅了我们的女主角，她几乎丢失了名字以外的所有记忆，但对过去发生的一切也是莫不关心，不过感情的稀薄的她却仿佛是揭开一切迷团的所在，在和我们的主角组合成一队后两人的心中都萌发出了对彼此的好感，故事就这个拉开帷幕了。
