中国医术，已有数千年历史，这便是一个发扬中国医道的故事！永乐年间，惠帝撤藩，燕王朱棣挥军入京，惠帝失踪，朱棣即位，励精图治，国泰民安。
平常，活泼佻脱，鬼主意多多，专门以假医术骗人赚点小钱，遇上了好酒不羁的赤脚大夫王九，二人本是冤家，后来，平常发现王九医术高明，遂拜王九为师，望能习得惊世医术，以便财源滚滚。
农草堂在医神大弟子、当今太医院使段天命的抚养下长大成人，医术高超，是众人眼中未来太医院使之继任人选。平常及草堂萍水相逢，两名性格迥异之人，却成了好友，虽然平常习医时间虽短，却具特殊天份，对医道每有创见，令草堂也为之侧目，二人遂成了医道上的对手。
天命有一女儿素问，患有精神分裂症，一时是阳光开朗的素问，另一时却是冷傲孤僻的灵枢，两种性格皆不知对方的存在，如两个不同的人，占用一个身体。可麻烦事出现了，平常爱上了素问，草堂却喜欢上了灵枢。一个牵涉三个人的四角恋，令人不知所措，就在此时，太医考劾之期将到，平常及草堂皆努力去争取，同时一个夺朝篡位之阴谋，正静静地利用太医院展开，而他们两个身陷莫大危机中而不自知……
