忍术学园在暑假里出了大乱子！教员小松田秀作一时疏忽，把学员们的作业给搞混了。布置给一年级叶组学员山村喜三太的竟是六年级学员的作业——拿到大间贺时城城主曲时的兜裆布。这个任务本来就有相当的难度，再加上该城正在与黄昏时城开战，喜三太就此行踪不明。老师们从还没做作业的学员中选出数人，组成了营救喜三太小队，雾丸、新兵卫等人也在其中。众人向大间贺时城赶去。
与此同时，田园村长老手泻洁斋前来忍术学园找园长。田园村在大间贺时城领内，手泻希望能从黄昏时城城主黄昏甚兵卫那里拿到“庇护符”，以解兵灾。园长决定盗取两军之印，搞清双方的底细。乱太郎等一年级叶组的学员因为喜三太之事也加入了调查任务。小忍者们潜入大军一展身手。最后，乱太郎他们能救出自己的伙伴么？！