邪恶的电脑生命体－星云灰(Nebula Gray)在「电脑世界」中开始行动。世界各地发生许多非物质化现象，「现实世界」因此不断消灭。当星云灰(Nebula Gray)进化成完全体时，「现实世界」和「电脑世界」将会逆转。地球将会被消灭而转变为巨大的电脑空间。 守护世界和平的网路救世主(Net Savior)－光热斗，与他的搭档网路领航员－洛克人一起前往破坏星云灰(Nebula Gray)。但是最强的网路领航员佛鲁迪……却挡住他们的去路。此外，敌我不明的神秘网路领航员卡尼尔也出现。 为了阻止世界的消灭，洛克人史上最大的网路对战，现在开始！！
