世间存在着以常人能力与知识无法计量的特殊能力者---SPEC持有者。若其中某些人的能力被恶所利用将会如何。被巨大的SPEC风浪翻弄的当麻与濑文。新登场的强大敌人、曾经出现过的SPEC持有者。越来越扑朔迷离的谜团、恢弘的场面，历时3年的“SPEC”系列终于迎来了终篇。 “Simple Plan”“法蒂玛的第三预言”以及《天》末尾登场的白衣男子。迄今为止的所有谜团即将解开。向大家呈现谁都未曾想到的真相！当麻与濑文将如何？全人类又将面临怎样的命运？
经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕…… 本片为SPEC系列完结篇的前篇。
前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻止世界的灭亡？
