《毒蛇信条》的故事背景在21世纪中，由于人类的各种活动导致环境的污染以及恶化，饥荒、病源的蔓延以及气象异常等，国际经济也因此出现严重的问题，最后导致世界大战的暴发。而在大战结束后分崩离析、失去以往通讯和交通方式的世界上，拥有重要地理位置的便是这个名为“FortDiversity”的地区。
由于各国的企业和公司都快速的集中在这个地区，因此与当地的住民产生的摩擦在所难免，此外也有很多作乱的市民存在。而此时任职于维护秩序的民间军事组织“阿尔坎（暂名，ア儿コン）”中的“樱子（暂译，サクラコ）”被调入顶尖单位“UNIT・VIPER”，并与“赛奇（暂译，サイキ）”结为搭档，解决各种冲突事件。
