故事以椚丘中学3年E班为舞台，被称为史上最凶恶的超生物“杀老师”将月球炸掉了七成，并扬言明年要炸掉地球，却以不明目的而担任椚丘中学3年E班的教师。各国首脑将暗杀的重任交给椚丘中学3年E班，配送特制的武器给他们，希望学生们能在一年之内将杀老师杀掉，成功报酬是一百亿日元。在第二学期开始，国家决定成功暗杀的人，个人就得到一百亿日元报酬，其参加的团体可共得三百亿日元报酬。各同学想尽办法杀死这名老师，故事围绕着非日常的校园生活而展开……
虽然砍掉了大部分日常只突飞猛进地保留了关键设定和主要情节但直到“年级第一砍触手”都基本遵从漫画。不过作为漫画党忍不住担心这进展对于直接来看的来说会不会略突兀（后来证明又是我多虑了…
《暗杀教室 真人版》的续篇定名为《暗杀教室：卒业篇》。在3年E班即将毕业的最后日子里，他们能否成功杀掉“杀老师”？地球是否真的会毁灭？在“杀老师”教育下摆脱“后进生”阴影的同学们，内心又会产生怎样的改变？这些问题都将会在2016年上映的续篇中得到答案。
