《精灵宝可梦：超梦的逆袭·进化》的故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战。

世界宣布——。 我们将回归原点、最高峰。 「纯洁的心、与强烈祈愿想要邂逅的心情」 在拥有这两者的冒险者的面前出现了幻之宝可梦·梦幻。 据说它是所有宝可梦的“始祖”， 全世界的宝可梦研究者都在寻找其行踪。 终于有一位科学家发现了梦幻的化石， 并将其做为原料开始沾染神也害怕的禁断行为。 「这是哪…。我是谁…。」 在想要制造出最强的宝可梦的人类的自私下， 这个世界上诞生了一只传说宝可梦。其名为超梦。 就连存在的理由都不知道， 超梦就被不断被施以成为最强兵器的实验， 其心中开始萌发出对人类的憎恶之情。 「这是，对生下我的人类的，逆袭!」