第一代小林少年的曾孙?小林芳狼，和好友渡，还有青梅竹马的明智小五郎的曾孙明智小夜一起过着非常平凡的高中生活。有一天，时隔10年怪人二十面相出现在芳狼面前。二十面相只留下一句“约定的时候很近”就离开了。到底二十面相所说的“约定”的真意是…？与此同时，校园里接连发生了怪事，神秘同好会成员黑崎、梦野正太郎、冢原舜陷入了案件的解谜中。芳狼在10年前的某件事中渐渐想起了和封印的怪人二十面相的记忆，开始直面自己隐藏的能力和宿命，但是担心被怪人二十面相吸引的芳狼的渡和小夜的关系开始有不稳的气氛…。故事梗概为：以江户川乱步的名著《少年侦探团》系列为原案，描述名侦探明智纮五郎及其弟弟的故事。