故事描述在美丽的澳洲大堡礁海域中，活泼好动的小丑鱼尼莫，不幸被专门收藏观赏用鱼的潜水人士捉到，被卖入悉尼一间牙科诊所中，成为鱼缸中众多观赏鱼的一分子。尼莫开始必须面对一群陌生又怪异的新朋友，还得担心如何能与父亲老爸团聚；而另一方面，心急如焚的老爸决心要远度重洋试图找到尼莫，沿路上还遇见了热心助人，但只有短暂记忆的帝王鱼多莉。