讲述古日本一个君不君臣不臣的时代，诸侯混战，民不聊生，一名武士醍醐景光为了出人头地、统一天下，而将自己即将出生的儿子献祭给48个魔神。

一出生就缺少了身上48个部位的幼儿，被狠心的父亲视为怪物意欲杀之，善良的母亲救下了他，并将他放入木盆中顺流而下，后来被名为寿光的隐士所救，替他制作了义眼、义肢等补足了身上所缺乏的部位，命名为百鬼丸，并抚养他长大。

寿光去世后，长大成人的百鬼丸了解到自己身体残缺的原因，于是开始了斩杀魔神以便逐一收复被掠夺的身体部位，并探寻身世之谜的旅程。其间，百鬼丸遇到了自称大盗的疯疯癫癫的少年多罗罗，多罗罗了解到百鬼丸的来历后，为了得到他手中的宝剑而跟随他一起继续旅程……