在组成三十六方、确定起事日期上，张角的确为黄巾军起了领衔作用，但后来却失去了这种有计划性的行动。他们并没有统一的指挥，张角虽是太平道的领袖，却只在冀州转战，没有为其他军团作调控，没有同一目标，只是占地死守或四处抢劫。加上当友军有难时，各军都不会相救，官军利用此缺点予以各个击破。虽然黄巾之乱，令天下震动，但由于其自身的缺陷，黄巾军终未能推翻汉朝，反被歼灭。 黄巾之乱对于东汉晚期的政局有深刻影响。为了有效平定叛乱，朝廷对暴动频发和集中的刺史监察区改置州牧，延缓了黄巾之乱对全国的蔓延，起到了减缓东汉结束的作用。董卓掌权后，地方手握重兵的刺史和太守集体反叛中央朝廷，为东汉晚期军阀鏖战揭开序幕，史称州牧割据，是三国分立的远因