《忍者乱太郎剧场版：毒竹忍者队最强的军师》讲述了土井老师在与黄昏时忍者的诸泉尊奈门决斗后失踪，山田老师和六年级生们展开搜寻的故事。因土井老师失踪，校长竟请来黄昏时军首领杂渡昆奈门和诸泉尊奈门担任一年叶组的代课老师，让忍蛋们状况百出。