平凡的高中生深町彰偶然捡到了一个奇怪的胶囊。一个奇异的物体从胶囊中浮现，将他包裹起来，导致他掉进了河里。与此同时，他的女友濑川美月被怪物和神秘男子接近。然而，另一个怪物从河中浮现，击退了这只名为“Zoanoid”的怪物。这些男子实际上是秘密组织“克罗诺斯”的成员，而胶囊正是该组织为强化人类而制造的“怪兽单位”。凭借怪兽单位，深町彰获得了变身为怪兽怪兽一号的能力。他与克罗诺斯之间的战斗就此拉开帷幕…… 影片中出现的另一位怪兽“怪兽二号”与原作不同，是一位女性角色。本片也与OVA同日在部分地区上映。