小智带着要成为小精灵训练大师的决心和皮卡丘来到了宝石大陆，遇到了刚刚开始使用宠物小精灵小遥和她弟弟小正，还碰到了老朋友小刚！他们在宝石大陆还收服了很多新的宠物小精灵！他们冒险继续着……