在第五季的结尾，杰克（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）意外的被中国秘密逮捕，在长达20个月的关押期。杰克忍受着非人的严刑拷问却没有说一句话。而此时的美国，却遭受到恐怖分子炸弹袭击的威胁，而且证据显示可能是伊斯兰教派武装组织所为。CTU方面调查发现，这一系列恐怖袭击的背后主使是一个名叫阿萨德的伊斯兰恐怖分子。而为了能顺利实施针对阿萨德的刺杀计划，美国和中方交涉，换回了被关押的杰克•鲍尔。打算利用杰克作为诱饵，引出阿萨德。可是，在引诱阿萨德出现的一系列活动中，杰克却发现这次恐怖袭击的幕后主使另有其人。为了化解即将到来的恐怖袭击，杰克再次挺身而出，只身与恐怖分子展开了较量……

一个名为Assad的伊斯兰恐怖分子在洛杉矶策划了一系列自杀式恐怖袭击，美国政府接到一个名为Fayed的恐怖分子的线报，据称他可以提供Assad的藏身之地，但条件是要求美国政府将杰克鲍尔从中国接回来，并将他交给自己，因为他的哥哥曾经被杰克杀死，他要替自己的哥哥报仇。美国政府迫于无奈，只好将杰克交给他以找出Assad的藏身之地。克洛伊知道这个消息后，私自开通了监视卫星以查探杰克的位置，但被恐怖分子觉查，于是通知CTU他们怀疑美国政府的诚信，要考虑是否告诉他们Assad的藏身之地。同时杰克被送达恐怖分子手中，同时得知这一切根本不是Assad主使的，Assad只是一个幌子，是Fayed用来得到杰克和戏弄美国政府的方法，还有更大的阴谋在后面。但美国政府已经根据Fayed提供的线索准备去缉拿Assad了……