在十四世纪，一个重要宗教会议，突遭五名神秘杀手破坏。 英国圣芳济各会修士威廉（史恩康纳莱）负责追查幕后元凶，威廉在年青随从（克里斯汀史莱特）协助下，一步一步向真相逼近，岂料，跟他作对的宗教裁判官贝纳多（莫瑞亚伯拉罕）也来到了修道院。贝纳多决意以酷刑杜绝一切异说，假如威廉坚持继续追缉元凶，被追缉的将是威廉自己。