在《黑衣人2》中，凯(Kay，汤米-李-琼斯饰，TommyLeeJones)和杰伊(Jay，威尔-史密斯饰，WillSmith)再度联手，共同对抗一个邪恶的外星女诱惑者，为人们筑起了最好的、也是最后和唯一的一道防线。这个险恶的女子对"黑超特警们"(MIB)引以为豪的宣言：保护地球免受宇宙中那些害虫的侵害--构成了最强烈的挑战。

自从上次寻找外星的侵入者，成功地化解了一场银河系间的巨大灾难以来，已过去4年了。凯已经退休,过上了安闲的平民生活，而杰伊还在继续为"黑超特警"工作。"黑超特警"是一个拥有巨额基金的非官方政府机构，它管理着地球上的所有外星事务。

杰伊在调查一起看上去很普通的犯罪案件中，发现了由邪恶高手塞琳娜(Serleena，拉腊-弗林-博伊尔饰，LaraFlynnBoyle)策划的一个恶魔般的计划。这个邪恶的凯洛西恩(Kylothian)怪魔将她自己扮装成一个性感的内衣模特进入了黑超特警的总部大楼。当塞琳娜占领了整个大楼后，将那里的人们都扣押起来当作人质，只有杰伊一个人脱了身。此时杰伊只有依靠凯，凯是他从前黑超特警的老搭档、现在另一个庞大的政府机构，美国邮政署里享清福、美美地品尝着他老婆做的小甜饼而不愿再理会与外星人怪兽之间的斗争。

这是一场与时间的赛跑，因为杰伊必须说服凯--他非但对他以前为黑超特警工作全无记忆，而且他也是唯一一个有能力挽救银河系的人--回到黑超特警中间来，以挽救地球免受灭顶之灾。