潜艇总动员讲述的是两只实习小潜水艇阿力和贝贝的深海历险故事。这两个小伙伴在人类教练道哥的指导下，开始在神秘莫测的深海里执行巡逻任务。每天他俩都努力完成教练布置的各项任务，期待着有一天能够从实习生晋级为科研潜水艇。实习过程中，他们常常遇到各种险情，比如，教练道哥被卡在深海海底岩缝中，偶像德叔发动机发生故障掉进岩石里，飞机苏喜被浓雾围困等待紧急救援。除了危机四伏，两个小伙伴也遇到了很多有趣的狼狈