一个小男孩经历了一场大爆炸，在医生不放弃地抢教之下，得以幸存，然而自此之后，他全身上下便留有移植自他人皮肤的缝补疤痕；而感念于医生的恩泽，他也努力向医学发展，成为一个技术高超，无人可及的天才外科手术医生，他的名字就叫做黑杰克。他身边唯一的家人，是靠他高明医术，自畸形囊肿组合而成的小女孩皮诺可。

黑杰克因他神乎奇技般的外科手术技术，而使名号广为流传于世界各地，但他却是个无照的医师，然而众人对于这样一个谜样般的密医，却是又爱又恨，拜倒于他那神技般的医疗技术，却又对于他看诊的漫天索价相当感冒；但黑杰克对于治疗费用的索取，却没有一定的标准，有时非得开价上亿元不医，有时却又一毛不取替人治疗，在这样索价的往来之间，其实可以细读出黑杰克的情与义。

怪医黑杰克整个故事内容，主要是在描写黑杰克与病患之间的互动，对话的字里行间，亦不时透露出黑杰克对生命的尊重与人文的关怀，在黑杰克看似冷酷的外表下，内在却拥有一颗比谁都还要珍视生命的心。