时值战国时代，一个战争彷佛永无止尽的时代，也是各派忍者活跃的时代，伊贺、甲贺、风魔，以及火影一族。 火影忍者从不在历史上留名，它可以说是幻影中的幻影军团，大家都知道的忍者是擅使手里剑、武士刀和炸药的神秘暗杀集团，他们个个身手不凡，而且行动如风，一夜之间，可以翻越两座大山，可以飞天，渡海......可是火影忍者却不然。 这些火影忍者没有出类拔萃的能力，身手平平、剑术也乏善可陈，可是他们有一样东西是其他忍者望尘莫及的，就是头脑，他们凭着自己的天才头脑制造出来的各种武器，以弥补身手的不足，总之火影一族可以说处处都是谜，传说他们可以自由的操纵时间，拥有不老不死的生命，也有人说他们可以操纵火燄。 天正四年，尾张的织田信长向火影一族出兵，危机由此开始，织田信长觊觎着火影忍者的魔导器，以为有了它们就可以统一天下，但火影忍者却把它们藏了起来，至今下落不明。 战乱时，有一个妙龄女子，手抱婴孩不断跑，跑到一处无人之所，继而施展忍法。