时隔2年之后，小白鼠斯图尔特（迈克尔·J·福克斯配音）又出现在观众面前，现在的斯图尔特不但拥有了自己的小汽车，还加入了学校的足球队，一幅意气风发的样子。唯一让他心烦的事，就是妈妈在生了一个小妹妹玛萨之后，不自觉地把爱和关注全都倾注到玛萨身上，而忽视了自己。

一天，心烦意乱的斯图尔特正开着自己的小汽车回家，巧遇到正在被猎鹰追捕的小鸽子玛格罗（梅兰妮·格里菲斯配音），在斯图尔特的帮助下，玛格罗摆脱了猎鹰的追逐，一次惊心动魄的历险拉近了两个孤独心灵的距离，我们的斯图尔特坠入了情网。。。