《PRISM ARK》讲述了被称为“苍月的惨剧”之后的故事。风之国的国王和王妃以及他们的刚出生的小王女一同前往盟国接受洗礼仪式。途中他们却遭到了敌国军队的袭击，从此行踪不明。为此，王国集结了十字军以圣战的名义征战帝国讨回公道。而帝国却唤醒了迷之生体兵器——天使。在强大的天使面前十字军气势全无节节败退，疆土损失近一半。

此后十余年，王国人民的生活渐渐恢复至小康状态，同时对战争的危机意识和国仇家恨也渐渐淡忘。代替行踪不明的国王而代理国政的摄政王，亲自出资开始在各地设立骑士养成学校，培养能守卫国家的精锐部队。而故事就是从以成为骑士为目标的主角进入骑士学院开始……