离开闭锁的故乡，匡平只身一人来到东京上大学。某天，匡平的妹妹诗绪来到匡平家。她拥有“只”的资格，可以操纵在家乡中如神般的存在、名为“案山子”的人偶。诗绪告诉匡平，他那个过去在村中引发惨剧的儿时玩伴阿几，为了找到匡平而逃出了村子。阿几跟诗绪一样拥有“只”的资格，在这时操纵着“案山子”袭击了匡平。如今，众神之战一触即发。

神样DOLLS”是连载于“月刊SundayGENE-X”的少年漫画，作者是山村哉，目前连载至第6卷。近期发售的漫画第7卷中曝出了重大消息，目前已确定本作动画化决定。故事讲述了主人公匡平离开了自己的故乡来到东京开始了，过着平凡的大学生活。有一天夜里打算跟同班同学的日日乃告白，两人却意外目击到了被斩杀的尸体。匡平有个妹妹叫诗绪，她有着“只”的资格可以操控被侍奉为“神的空壳”的神秘人偶“案山子”。她转达了他关于他儿时玩伴阿几逃出村子的消息。其实同样是“只”的阿几曾在村中引起过悲剧。后来他们遭到了阿几的袭击……诸神的战斗即将展开……