故事延续著名的《吸血鬼德古拉》，HELLSING教授打倒了不死的德古拉之后，时间过了约100年，英国王立国教骑士团是专门歼灭对抗大英帝国和英国国教的反基督怪物的特殊机关，而其中的王牌是拿着常人无法使用的大口径手枪的吸血鬼阿尔卡特，在一次任务中转化了被狭持的女警西洛斯，之后两人就以主仆的关系进行任务。但是潜伏在历史阴影中的敌人也正在重整旗鼓，一连串不寻常的人造吸血鬼肆虐事件指向了一个秘密的组织“千禧年”， 这个组织由躲藏在南美的纳粹残党所建立，在领导人少校的指挥之下，许多加入组织的党卫军老兵接受了改造成了不死的 吸血鬼军团“最后的大队”，另外，少校手下的“狼人部队”拥有超乎常识的超自然能力以及杀戮的意志，也成了相当恐怖的敌人。