战国时代，为了成长成为一名出色的忍者，贫民之家的少年乱太郎（加藤清史郎 饰）进入了一流的忍者学校忍术学园学习。就读于一年叶组的乱太郎结识了好吃贪睡的新兵卫（木村风太 饰）、干着多份兼职的孤儿雾丸（林辽威 饰）以及许多同龄好朋友。小忍蛋们每日的学习紧张有趣，搞怪不断。在第一年的暑假，四年叶组的齐藤鹰丸（沟口琢矢 饰）和父亲齐藤幸隆（鹿贺丈史 饰）遭到刺客万寿鸟（竹中直人 饰）和土寿鸟（石垣佑磨 饰）的袭击。由此引发了忍术学园和稗田八方斋（松方弘树 饰）率领的毒竹忍者队的大对抗。究竟谁能敲响打鸣寺的钟声？忍蛋和毒竹忍者的对决就此展开……本片根据尼子骚兵卫连载长达26年之久的国民漫画《落第忍者乱太郎》改编。