动画《樱花庄的宠物女孩》主要讲述就读水明艺术大学附属高中的神田空太因被校长赶出宿舍后，流落到恶名昭彰的樱花庄；并与世界级天才画家椎名真白发生的一系列故事。就读水明艺术大学附属高中的神田空太，一年级夏天时在宿舍养猫，而被校长叫去问话，并要他把猫赶走，不然就搬出宿舍。身为爱猫一族的空太，企图反抗权威，结果被撵出宿舍，流落到恶名昭彰的“樱花庄”。 隔年春天，随着世界级天才画家椎名真白搬进了樱花庄，空太开始过著被这名缺乏常识的少女耍得团团转的日子。