《壳中少女》描写的是一个关于未成年妓女的故事。主人公露恩·芭洛特因为介入赌场经营者榭尔的计划遭到谋杀，千钧一发之际幸得犯罪搜查官博士和乌夫库克营救，并借助马杜克紧急法令-09（Mardock Scramble-09）保存了性命。芭洛特因为马杜克紧急法令-09（Mardock Scramble-09）得到了高度电子干涉能力。之后，芭洛特和博士，乌夫库克一起开始追查榭尔的犯罪事件，而另一方面，榭尔也雇佣了搜查官鲍伊德企图将芭洛特逼入绝境……