魔具少女第二季全集与魔具少女第一季一样，讲述了男主角大山武进入了原本是女校的天日学园，在这间满是女性的花园学校里，除了有其他常规学校的课程外，学生还要学习使用及掌握“元素”，而当中有一部分学生更能够使用不可思议力量的“魔具”。性格迥异、拥有不同魅力的女学生会使用各自的“魔具”而战斗。