《海猫鸣泣之时》的舞台是在日本伊豆群岛中，一个名为六轩岛的小岛上。这个长度只有10公里的小岛，是大富豪右代宫家的私有领地。

1986年10月4日～5日，由于召开一年一度的家庭会议，右代宫全族成员都集中在岛上。由于家族首脑，右代宫金藏已病入膏肓，他的子孙们都妄图在遗产分割中独占岛的所有权。除了岛屿之外，右代宫金藏还将10吨黄金藏在了岛上的某处。原本为分割遗产而举行的家族会议，却因为台风的缘故而将聚集而来的18个人完全困在了岛上，电话无法接通、船只也无法起锚，岛屿成了一个彻底封闭的空间。而与此同时，在岛上又发生了神秘的连续杀人事件！

为了这些财宝而勾心斗角的人们，突然收到到了来自“魔女”的可疑信件，原本应该只有18个人的岛上，竟然还存在着第19个人？不断出现的残酷杀人事件，留部分人物在现场的无法解开的谜团。接下来究竟谁会死去，谁能活下来，或是所有人都会被杀？犯人就在这18人中间么，还是那个神秘的“魔女”？