「战国BASARA Judge End」的故事会以2010年发售的「战国BASARA3」为蓝本，将“关原之战”设为舞台。彼时为群雄割据的战国乱世，高歌天下布武的大魔王织田信长，在本能寺遭遇心腹大将明智光秀的反戈讨伐。在信长阵亡后，拥有压倒性战力的丰臣秀吉成为一方霸主。另一边，奥州最强之人伊达政宗准备进军小田原城。随后，甲斐武田军队听闻伊达开赴进军的报告，真田幸村心生驰援战场的冲动……