三坪房间的侵略者！？」的故事围绕着幽灵、扮装少女、地底人、外星人，以及武艺高强的房东--这些出现在高一新生里见孝太郎身边的美少女军团展开。看似可以过上宛若被置身于天国的桃色生活的孝太郎，却被这些美少女搅得烦恼不已。于是为了捍卫租金超便宜的可乐娜庄一〇六号房，孝太郎每天都过著同美少女侵略者斗智斗力的生活。