哥斯拉系列电影的第27集，是“千禧年系列”中唯一的续集，直接延续前作《哥斯拉X机械哥斯拉》，一年前与哥斯拉（Godzilla）的决战，机龙（机械哥斯拉Mechagodzilla）受损程度37%，失去了右腕及终极武器-绝对零度炮。维修组员中条义人在八王子基地负责修复机龙的工作。某日中条在他叔叔信一的别墅家度假时，婴儿岛的小美人精灵竟然出现在他们眼前。小美人给他们一个忠告：人类用哥吉拉骸骨制造出机龙是个严重的错误，如果出动机龙，摩斯拉就会变成人类的敌人。於是信一设法说服老友也是身为总理大臣的五十岚，希望能中止机龙的计划。但就在此时，太平洋又出现哥斯拉的影踪······