故事发生在虚构的未来世界，彼时，人类因为疏忽和大意而失去了制海权，海洋，成为了人们可望而不可即的所在，盘踞在那里的，是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们出现了，在她们的体内，栖息着舰艇之魂，亦是明日呢化身成为各式各样的战舰，为了人类的和平做着不懈的努力。

平日里，舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练，某日，一位名叫吹雪（上坂堇 配音）的活泼女孩出现在了大家的面前，初来乍到的她踌躇满志，热情满满地加入了舰队的新生活中去，在这里，充满了精彩和刺激的日常就此展开。

舰队收藏全集动画又译《舰队Collection》,改编自DMM的舰队养成游戏《舰队Collection》，舰队收藏以二战日本帝国海军军舰为题材。主角可以一边收集军舰拟人化的角色“舰娘”，一边将已经收集到的舰娘强化并改造，最后在战斗中打倒深海栖舰，成就无敌的联合舰队。

动画制作方面，舰娘动画的监督是小原充，系列构成是漫画原作田中謙介，同时田中謙介还透露动画将以“吹雪”而主角描述其成长的故事，动画的声优也基本沿用游戏阵容。动画的脚本邀请了比企利至、待田堂子、横手美智子加盟。动画人设则是「雪之少女」、「鼻毛真拳」的角色设计大西阳一。