电影舞台设定为近未来的日本。背负解决不受人类控制的机器人问题的“ARK计划”中枢，机器人技术权威光明寺信彦制造出电脑奇侠Kikaider，而光明寺却在实验中意外身亡。1年后，“ARK计划”交给了光明寺的对手神崎和国防部长椿谷的手上，导致计划的暴走。而光明寺开发的拥有「良心回路」的机器人次郎(电脑奇侠)这一位英雄出现战斗的故事。

近未来，日本政要为了推进社会的发展，宣布正式开启提升智能机器人研究水平的“ARK计划”。秉承着一颗正直之心的光明寺信彦博士（长岛一茂 饰）参与其中，谁知相关负责人竟然假借“ARK计划”名义意图开发军用机器人。在此之后，光明寺博士不明不白死于事故，身后留下了正上大学的女儿美津（佐津川爱美 饰）以及还未成年的儿子小胜（池田悠斗 饰）。某个夜晚，姐弟俩遭遇一伙不明身份之人的劫持，危机时刻一名神秘男子出手相助，随后该男子竟然现出战斗机器人的模样，他就是光明寺博士生前专门安装了良心回路的智能机器人次郎（入江甚仪 饰）。 光明寺姐弟的命运由此和次郎搅到一起，而更大的危机和阴谋正向他们逼近……