曾经，人类与拥有凶恶咒术力的女王--妃魅祸率领 的邪魔台王国的ハニワ幻神发生过壮绝的战争，战争 最后以人类封印了妃魅祸而获得了胜利。
在那场战争的50年后，人类在平静的生活中渐渐忘记 了那场战争。
但是，ハニワ幻神又一次出现了！
与它们展开战斗的是司马迁次郎博士率领的BUILD BASE！
高校生草薙剣児借着由从BIG SHOOTER射出的各种部件装着组合而成“钢铁神吉克”，与它们展开了激烈的战斗。
现在，关系到人类存亡的新的战斗开始了！