在第二季中，罗伯特·冈萨雷兹被斯凯的母亲用水晶杀死，神盾局损失了一位高级成员。蕾纳终于看清了自己的命运从而为了斯凯看清事实而主动被贾盈割喉而死。卡拉因为伪装成梅琳达而被沃德打了三枪使肺部充满血液窒息而死。重伤的芭芭拉活了下来但是还需要长时间的治疗并且她也对她的冤家兰斯·亨特 说出了退出的愿望。科尔森因为接住戈登临死前抛出的水晶致使左手手腕被“石化”，紧要关头被 阿方索·麦肯锡 用消防斧砍下了左手a从而阻止了“石化”继续蔓延。卡尔为了保护黛西而杀死了自己的爱人贾盈，后被神盾局用塔希堤计划抹除了记忆从之后一份宠物医生的身份。梅琳达最后似乎要与安德鲁复合。 沃德受够独角戏，重振“雄风”带领“新头”团队。小小的涟漪最终将会成为海啸，科尔森的左手将会以什么样的姿态重新获得新生？一箱子的水晶掉到海里被鱼吸收后做成了鱼肝油终究会造成什么影响？ 莱奥·菲兹腼腆的向珍玛·西蒙斯约会，腼腆而又窘迫的他右手不小心的打开了装着外星石头的玻璃，在他离开后珍玛·西蒙斯被从玻璃窗中涌出的外星石头吸入的她将会如何……这一切谜题都将在2015年9月上映的《神盾局特工：第三季》中得以揭开。