《12岁。》讲述故事以位于关东的某所小学为舞台，主要描写以该学校的6年2班中的小伙伴绫濑花日和高尾优斗、苍井结衣和桧山一翔，以他们的学校生活为中心展开的只属于12岁的淡淡的恋情与友情。