在第二季中，钱德勒和船员们致力于发放解药，但当他们返回美国后，却遭到了其他想争夺权力的党派和天生对瘟疫免疫想要统治世界的幸存者们的反对。昔日人马早已散去，钱德勒舰长另任新职，xo斯莱特林担任DDG151号上的新舰长(确认卡拉不再担任TAO)，在钱德勒赴中国之后，斯莱特林遭到袭击被绑架，钱德勒受总统之令再度召集原班人马wolf等人，前去救援。

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《末日孤舰》本剧根据同名畅销小说改编，主人公是美军[阿利·伯克级]导弹驱逐舰「内森·詹姆斯」（Nathan James，二战英雄）号上的船员，这艘战舰上的战斧巡航导弹装配着核弹头。加盟消息：在已被取消的《跟踪者 Stalker》主演Elisabeth Rohm加盟TNT剧集《The Last Ship》，她将饰演循环角色Allison Shaw，是Mark Moses所饰演的总统Michener的参谋长，十分聪明。Emerson Brooks加盟《The Last Ship》，饰演一个3集的循环角色Meylan上校，他是个备受尊重﹑遵循规矩﹑美国海军船上的上校，他跟Tom Chandler（Eric Dane饰）及他的团队有所冲突。 TNT续订《末日孤舰 The Last Ship》13集的第3季，这部由Michael Bay作为执行制片人的剧集，收视在TNT中表现得很好，续订完全没有悬念可言。