距离第一季结束时发生的系列事件已经过去好几个月，掌握关键「意识代码」的Niska仍然不知去向。她的合成人家庭成员Mia、Leo和Max都不知道她在哪里，而且他们都试图确定自己在这个世界上的位置。Joe和Laura开始修补他们的婚姻。未经证实的报道称合成人的行为越来越古怪，一个简单但引发轰动的决定带来了连锁反应，Hawkins一家不得不面对不堪回首的过去。Joe、Laura和全家人必须做出一个可能让他们成为舆论焦点的艰难选择。与此同时在美国，年轻的硅谷富豪Milo Khoury（Marshall Allman，第二季的新常规演员）正领导自己的科技公司从事一项改变世界的创新性研究。他急需得到帮助，于是向全美最顶尖的人工智能专家Athena Morrow博士（Carrie-Anne Moss，第二季的新常规演员）寻求帮助。Morrow对Khoury的动机感到怀疑，她现在只关心自己的工作——创造一种全新的机器意识。 一边是长期统治地球的智慧生物人类，另一边是这颗星球上新兴的智慧生物合成人，他们都想确定自己在世界上的位置，一场前所未有的激烈冲突一触即发。第二季将尝试解答一个重要的问题：谁才有权决定「生命的真正意义」？