《骷髅人》的故事设定在一个“架空的时代”和“架空的日本”，故事舞台则是一个在被称为“影之都”的巨大企业支配下的闭锁都市舞台。而我们的骷髅英雄就是在这个空幻舞台在正义与邪恶、光明与黑暗、人类与非人类……的瓜葛之间穿梭。