12岁的少女上野遥家住函馆，小时候她的父母就已经离婚，一直和母亲生活在一起。而她青梅竹马的同学后腾勇，在母亲的逼迫下不得不报考东京的私立中学。想到两人将要分开，勇的心里十分失落。然而有一天，来自15年后的未来世界“拉克里马时空界”的神秘男子卡拉斯出现在两人面前。因为15年后的世界中，世界分裂成以高度发达的科技世界——“拉克里马时空界”和企图消灭所有时空的“香格里拉时空界”，两个世界之间的战斗异常激烈。面对香格里拉的压倒性优势，唯一能保护“拉克里马时空界”的便是存在于15年前的“龙之矩”，为此“拉克里马时空界”司令部派遣卡拉斯等龙骑士前往15年前的世界寻找……