绝大部分的故事都发生在美国一个名为小镇村（The City of Townsville）的都市，飞天小女警则是这座城市的保护者，举凡阻止银行抢案、火场救援、防止怪兽破坏城市等，都是她们的工作。 飞天小女警对付犯案者及怪兽毫不留情，几乎总是会狠狠的揍他们一顿，再把他们丢进监牢或交给警方。飞天小女警有专属的热线电话，市政厅、小橡树幼稚园和基妮老师家里都设有分机。发生犯罪事件时通常是由市长打电话通知飞天小女警。飞天小女警的主旨是“英雄不是绝对的善，坏蛋也不是绝对的恶…因为每个人都有好的本性和坏的本性，只看你怎么选择。

尽管只是幼儿园里的小娃娃，但是飞天小女警——花花、泡泡和毛毛已经近乎无敌。她们不但能飞，拥有超人的速度与力量，甚至还有X光般的视线！在他们亲如父亲的创造者——尤教授的注视下，三个迷你超级英雄将用她们的超能力打击罪犯，保卫小镇免于遭受坏蛋的破坏！